賠償安排往往備受爭議。一些受影響業主認為現時補償不足夠，亦有市民認為太慷慨，各方意見不一。
目前，市建局提供給自住業主其物業的市值及一筆額外津貼（自置居所津貼），讓他們可以購買一個較佳的住宅單位居住，有關收購建議呎價的計算方法是基於類似地區七年樓齡的假設重置單位。令他們可以在同區購買一個「七年樓齡」面積相約的單位居住。而非自住業主則獲得其物業的市值及一筆額外津貼（由於性質不同，津貼額比自住業主相對為少）。有業主認為這安排對他們不公平，認為市建局應該給所有業主同等的津貼。
有受影響業主投訴沒有選擇地被逼遷離原來社區，就此問題，隨著政府於2011年宣布修訂的《市區重建策略》後，市建局為之後開展的項目，提供「樓換樓」方案，供受市建局重建項目影響的自住業主作為現金補償及特惠金以外的另一選擇。
重建項目的規劃審批需要一段頗長的時間，在期間可能有租客遭業主迫遷或終止租約而失去獲得賠償或安置的資格。